この現象は
１：KVMについているVNCでログインする：root、一般ユーザとも問題なし、
２：tigervnc-server側にログインする
　一般ユーザ：問題無し、その後 su - で rootになっても問題無し
　root：英語キーボード、その後 su 一般ユーザでも英語キーボードのまま。但しログイン前のユーザ名に記号を入れると日本語キーボードになっているので、ログイン後に設定が変わっている。
# setxkbmap -rules xorg -model jp106 -layout jp
で日本語キーボードになりますが、ログアウトすると英語キーボードに戻ってしまいます。
/etc/hal/fdi/policyに
<?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1"?>
<deviceinfo version="0.2">
<device>
<match key="info.capabilities" contains="input.keyboard">
<!-- If we're using Linux, we use evdev by default (falling back to
keyboard otherwise). -->
<merge key="input.x11_driver" type="string">kbd</merge>
<merge key="input.x11_options.XkbRules" type="string">xorg</merge>
<merge key="input.x11_options.XkbLayout" type="string">jp</merge>
<merge key="input.x11_options.XkbModel" type="string">jp106</merge>
<merge key="input.x11_options.XkbOptions" type="string">ctrl:swapcaps</merge>
<match key="/org/freedesktop/Hal/devices/computer:system.kernel.name"
string="Linux">
<merge key="input.x11_driver" type="string">evdev</merge>
</match>
</match>
</device>
</deviceinfo>
と記入し、jp106.fdiとして保存して再起動をしてもダメ。そうだろうなー、起動後は日本語キーボードなのだから。
苦肉の策で、/etc/profile.dに
setxkbmap -rules xorg -layout jp -model jp106
と記入してjp106.shとして保存し再ログイン。
これでrootでログイン後、端末を走らすとキーボードが日本語になるが、端末を走らせる前に例えばgedit等をすると英語キーボードのままなので、ワザと一度端末を走らして、日本語キーボードにしてから、gedit等をするとOK。
解らないのはrootとしてログインする前は日本語キーボード、ログイン後は英語と挙動が変わる点である。ということはユーザーの設定の様だが、VNCによって変ると言うことはやはりユーザの設定では無く、他の設定だと思うが（例えばGDMの設定）今は不明。